第２世代以降の抗ヒスタミン薬は、分子構造上いくつかに分類できます。

主に三環形構造を有するものとピペラジン／ピペリジン骨格を有するものの２系統に分類されます。両方を含むものもあります。また、ピペラジン、ピペリジンは構造的にかなり類似しています。

通常、日常の診療においては抗アレルギー薬の分子構造の分類はあまり重要ではありません。中枢神経抑制の強さ、抗コリン作用の強さ、用法の違いなどもっと重要な分類があるからです。

ですが、現在使用している抗ヒスタミン薬が効きにくい場合や、薬剤アレルギー症状がある場合などには、異なる分子構造の薬剤に変更することで改善が期待できるとの意見があります。